"부동산 매매 법인이 임대 놓던 상가를 팔았더니, 부가세 2천만 원 환급이 안 된 이유"

매매 법인이 임대 중인 상가를 팔았을 때 부가세 환급이 안 된 이유

최근 실제 부동산 거래에서 매도자가 부동산 매매 법인이었지만 일부 공간을 임대 중인 상태에서 상가 건물을 매도했고, 매수자는 부가세 환급을 기대했다가 실패한 사례가 있었습니다. 왜 이런 일이 벌어졌는지 쉽게 풀어보겠습니다.

1️매도자는 어떤 회사였을까?

• 부동산 매매 법인: 건물을 사서 되파는 게 주업인 회사.
• 하지만 이 건물이 팔리지 않아 2층 주택 부분을 임대한 상태였음.

2️ 건물 구조

• 1층: 상가(근린생활시설) – 부가세 과세 대상
• 2층: 주택 2 가구 (85㎡ 초과) – 임대 중 / 부가세 면세 대상

3️ 매수자의 계획

• 건물을 사서 임대사업자 등록 후 임대 수익 창출 계획
• 중개사는 "그대로 임차인 승계하면 포괄양수 도니까 부가세 안 붙고 환급 가능"이라고 판단

4️ 그런데 문제가 발생!

• 매매 시 부가세 10%를 납부하고 세금계산서를 발행함
• 매수자는 부가세 2,000만 원 환급을 기대했지만, 환급 불가 판정

 왜 환급이 안 됐을까?

구분	환급 가능?	기준
주택 매매	85㎡ 초과 시 환급 가능	면적 기준 적용
주택 임대	환급 불가	면적과 무관하게 부가세 면세
상가 임대	환급 가능	과세 대상

핵심 포인트: 주택을 임대할 경우에는 면적과 관계없이 전부 부가세 면세 → 환급 불가

5️ 중개사의 오해

• 건물이 임대 중이었고, 매수자도 임대하려는 계획이므로 "포괄양수도"로 생각
• 하지만 매도자는 매매법인 → 포괄양수도 적용 불가

6️ 실무 조언

• 매도자 사업자 등록증 필수 확인: 매매업자인지 임대업자인지 꼭 구분
• 주택임대는 무조건 면세: 면적과 상관없이 부가세 환급 없음
• 포괄양수도 요건 명확히 파악: 매매법인은 원칙적으로 적용 불가

마무리 정리

이번 사례처럼, 매도자가 '매매업자'이고 매수자가 '임대업자'일 경우, 상가와 주택이 혼합된 건물의 부가세 환급 문제는 매우 복잡할 수 있습니다. 거래 전 반드시 사업자 유형, 건물 용도, 환급 요건을 철저히 검토하고 전문가 자문을 받는 것이 중요합니다.

 

★ 이해가 힘든 분들을 위한 추가 자료입니다.

사례 해설: 왜 부가세 환급이 안 되었나?

매도자(파는 사람)는 어떤 회사인가요?

부동산 매매 법인입니다.
원래 건물을 사서 되팔아 이익을 얻는 ‘매매 사업’을 하는 법인이에요.

그런데 이 건물이 잘 팔리지 않자, 잠시 2층 주택 부분을 임대해서 수익을 내고 있던 중이었어요. 즉, 임대를 본업으로 하는 회사는 아니에요. ‘매매 법인’이지만 임대를 일부 했던 상태였던 거죠.

건물 구조는 어떻게 되어 있었나요?

• 1층: 상가 (근린생활시설) – 환급 가능한 부가세 대상
• 2층: 주택 2가구 (각 85㎡ 초과) – 현재 임대 중

매수자(사는 사람)는 어떤 계획이었나요?

이 건물을 사서, 그대로 임대 사업자 등록을 해서 임대 수익을 낼 생각이었어요.

그래서 중개사는 이렇게 생각했죠:

“이미 임대를 놓고 있고, 매수자도 임대사업을 할 거니까,
임차인도 그대로 승계하면서 사업 포괄양수도 형태로 하면 부가세 안 붙이고 넘길 수 있겠지!”

하지만... 이 판단이 오해였습니다.

어디서 문제가 생겼나요?

중개사와 매수자는 다음처럼 기대했습니다:

• 매매 대금 중 **건물가액의 10%**인 부가세를 매수자가 부담
• 그 부가세를 매수자가 환급받을 수 있을 거라고 믿음

그러나 국세청의 판단은 달랐습니다:

2층 주택은 임대용이므로 부가세 면세 대상이에요.
즉, 부가세를 냈다고 해도 환급받을 수 없습니다.

이로 인해 매수자는 약 2,000만 원의 부가세를 환급받지 못하는 일이 생긴 거예요.

왜 85㎡를 넘는 주택인데도 환급이 안 됐나요?

여기서 중요한 기준이 있습니다:

구분환급 가능 여부기준

주택을 '파는 경우'	85㎡ 초과 시 과세 → 환급 가능	면적 기준 중요
주택을 '임대하는 경우'	무조건 면세 → 환급 불가	면적 상관없음 ❌

 

요점:

• 주택 매매는 85㎡ 초과 여부가 중요
• 주택 임대는 면적 관계없이 무조건 부가세 면세 → 환급 불가

 왜 중개사도 착각했을까?

중개사 입장에서는...

• 건물이 이미 임대 중 → 임대업자로 보였고
• 매수자도 임대업을 하려 함 → 임대업자 간 포괄양수도로 처리하면 부가세 문제없다고 판단

하지만 **실제 매도자는 '임시로 임대 중이던 매매 법인'**이었고,
매수자는 임대사업자이지만, 주택임대는 환급 대상이 아님 → 부가세 환급 불가

실무 조언 요약

• 사업자 등록증 꼭 확인: 매도자가 매매업자인지 임대업자인지 확인
• 주택임대는 부가세 환급이 안 됨: 면적 상관 없이 ‘임대’만 하면 환급 불가
• 면적 착오 주의: 85㎡ 초과라도 '임대용 주택'이면 환급 안 됨
• 포괄양수도 요건 오해 금지: 매매법인은 원칙적으로 포괄양수도 적용 안 됨